Ak Parti ile Cemaat arasındaki kavganın her gün biraz daha büyümesinde bazı temel nedenlervardır. Bu nedenler, yapısal olduklarından herhangi bir şekilde çözümlenmesi de mümkün gözükmemektedir. O halde bu kavganın, bir tarafın kesin mağlubiyeti ile sonuçlanması ve yenilen tarafın marjinalleşmesi ile sonuçlanmasını öngörmek fazla bir iddia olmayacaktır.
Kökenlerine bakındığında Siyasal İslam (Ak Parti) ile Nurculuk (Cemaat) arasındaki en temel yapısal farklardan biri “İnsan”anlayışları ile ilgilidir. Nurculuk düşüncesinde Birey esastır. Toplum da, devlet de birey için vardır.Birey topluma ve devlete feda edilemez. Bireyin tekamülü ve onun dünya – ahiret mutluluğu temel hedeftir. Toplum ve devlet organizasyonları, bu amacı gerçekleştirmek için sadece birer araçtırlar. Her ne kadar Birey ile toplum arasında pozitif bir korelasyon olsa bile Bireyesas olma özelliğini hiçbir zaman kaybetmez. Eğer bir Cihat söz konusu olacaksa bile burada yine bireyin dönüşümühedeflenir. Bu dönüşüm de ancak bireyin ikna edilmesi ile olabilir. Birey hiçbir şekilde zorlanmaz veya zarar görmez.
Siyasal İslam ise Birey ile değil, İslam’ın kültürel değerlerinin vücut bulmuş şekli olan İslam Toplumu ve Devleti ile ilgilenir. Ana hedefi bir İslam Devletikurmaktır. Bu hedefin gerçekleştirmesi için Birey feda edilir. Yani birey devlet içindir.Mecelle’deki “Hayrı kesir için şerri kalil işlemek caizdir, yoksa şerri kesir olur”kaidesine göre hareket ederler. Yani hayrı kesir (büyük hayır) olan İslam Devleti için şerri kalil (küçük şer) olan bireyi feda etmekmümkündür. Siyasal İslamcılık bu yönü ile faşizmebenzemektedir. Cihatise daha çok bir toplumu veya devleti ele geçirmek veya dönüştürmek için zor kullanmaktır. Bu cihat faaliyetinde insanların kendini veya başkasını feda etmesi mümkündür.
Ak Parti ile Cemaat arasındaki bu temel yapısal farkın tarihte yaşanmış bazı örnekleri de vardır. Bunun ilk örneğini 31 Mart Olayındagörürüz. İslamcı Derviş Vahdetiöncülüğünde bir grup Şeriat isteriz diye İttihat Terakkiyönetimine karşı ayaklanmışlardı. Said Nurside o dönemde bu kalkışmayı engellemek için azami derecede gayret göstermiş ve ayaklanmanın şiddetini ve gücünü kırmıştı. Bazı sivilleri ve askerleri, asayişin bozulmasını netice verecek bu ayaklanmadan vazgeçirmişti. Belki de ayaklanmanın neticesiz kalmasına sebep olmuştu.Hareket Ordusuisyanı bastırmış ve ayaklananlar idam edilmişti. İsyanı engellemeye çalıştığı halde Nursi de isyancılar gibi idam ile yargılanmıştı. Mahkeme Başkanı Hurşit Paşa’nın Nursi’ye “sen de şeriat istemişsin” demesi üzerine Nursi, “Şeriatın bir hakikatine bin ruhum olsa feda etmeye hazırım; zira şeriat, adalet-i mahz ve fazilettir. Fakat, ihtilâlcilerin isteyişi gibi değil!” demiştir. İslamcılar ile arasındaki temel farkın yöntem ve adaletanlayışındaki fark olduğunu vurgulamıştır.
Said Nursi İslamcılar ile ikinci defa Kürdistan’da karşı karşıya gelir. Halifeliğin kaldırılmasından sonra Ankara ile duygusal kopuş yaşayan Kürtler “Azadi”yani özgürlük adında bir örgüt kurarlar. Örgütün lideri Şeyh Said’in akrabası olan Cibranlı Halid’dir. Örgütte hem Meclis’te olan Yusuf Ziya Beygibi Kürt Vekiller, hem Hamidiye Komutanları ve askerleri, hem de Kürt aydınlar vardır. Örgüt İslamcı bir kimliğe sahipti.Halifeliğin kaldırılması, laik eğitimin benimsenmesi ve Türkiye’nin hızla dinden uzaklaşması örgütün kurulmasına sebep olmuştu. Kürtler kendilerine Türkiye’ye bağlayan herhangi bir bağın kalmadığına inanıyorlardı. Mustafa Kemalbu durumun farkında idi. Hatta Pasinler depremi bahanesi ile Erzurum’a gitmiş Cibranlı Halid’i ikna etmeye çalışmıştı. Said Nursi de bu esnada Van’da inzivaya çekilmişti. Hamidiye Alayları’nın muktedir kumandanı Kör Hüseyin PaşaNursi’yi ziyaret ederek O’nu isyan hususunda ikna etmeye çalışır. Ama Nursi, Kör Hüseyin Paşa’yı isyandan vazgeçirir. Hatta Şeyh Said de Nursi’ye bir mektup yollar ve isyana davet eder. Ama Nursi “dahilde kılıç çekilmez, millet irşat edilmelidir”diyerek isyana karşı tavrını ortaya koyar. Böylece Nursi, Kürdistan’da çıkması muhtemel bir isyana nüfuzunu kullanarak engel olur.Azadi liderleri tutuklanmaya başlanır. Şeyh Said de Suriye’deki Kürt Milliyetçilerine katılmak için oraya doğru giderken, Jandarmanın provokasyonu ile çatışmanın ortasında kalır. Küçük karışıklıklar sonucu yakalanır ve idam edilir. Said Nursi de Isparta’ya sürgün edilir.
Bu iki örnekten de anlaşılacağı üzere Siyasal İslamcılar, Nurcuları kendi hedeflerinin önünde engel olarak görmektedirler. Bu konu da haklı da olabilirler. Zira Nurcular Bireyin İmanı’nı kurtarmaya çalışırken; İslamcılar, Devletin İslamı’nı inşa etmeye çalışıyorlar. Nurculara göre nerede insan varsa imanı kurtarılmalıdır. İslamcılara göre nerede Müslüman var ise Devleti olmalıdır. Bu temel farklar her iki kesimin bir araya gelmesine ve bir çizgide buluşmasına engel olmaktadırlar.
Çatışmalar bir müddet daha devam edecek gibi gözüküyor.